Pada 1990, Waruna memulai perjalanan sebagai perusahaan maritim yang berfokus pada layanan perbaikan kapal. Pada masa awal ini, perusahaan membangun reputasi yang kuat di tingkat lokal melalui pekerjaan perbaikan yang teliti, andal, dan berkualitas tinggi.

Pada 1995, perusahaan secara strategis mengakuisisi kapal tunda pelabuhan (harbour tug), yang menandai langkah awal Waruna memasuki bisnis jasa kapal tunda sekaligus memperkuat kemampuan dukungan operasionalnya.

Tahun 1996 menjadi tonggak penting dengan peluncuran kapal tanker kecil pertama Waruna, yang memperluas portofolio layanan perusahaan ke sektor operasional kapal tanker.

Pada 1997, pembangunan dok kering (dry dock) pertama Waruna dengan kapasitas hingga 7.000 DWT dimulai, menandai peningkatan signifikan dalam kemampuan operasional perusahaan.

Pada 1998, Dry Dock 1 resmi beroperasi dan segera disusul dengan pembangunan Dock 2 dan Dock 3, yang semakin memperkuat infrastruktur galangan kapal untuk kebutuhan perbaikan dan konstruksi kapal.

Pada 2002, Waruna menambahkan dry dock berkapasitas besar, yang memungkinkan perusahaan menangani kapal yang lebih besar serta proyek yang lebih kompleks.

Pada 2008, galangan kapal Waruna mencapai tonggak penting dengan selesainya pembangunan Dry Dock 5 dan Dry Dock 6, yang secara signifikan meningkatkan kapasitas produksi dan kemampuan operasional perusahaan.

Pada 2009, Waruna mulai mengoperasikan kapal tanker besar pertamanya, yang menjadi landasan bagi pengembangan bisnis tanker sebagai salah satu fokus utama strategi usaha Grup Waruna.

Pada 2010, perusahaan memperluas bisnisnya ke layanan Tug & Barge, sehingga tidak lagi hanya berfokus pada operasional kapal tanker. Setelah tahun tersebut, bisnis pelayaran Waruna semakin berkembang di segmen Tug & Barge.

Pada 2015, pertumbuhan bisnis pelayaran berlanjut melalui masuknya Waruna ke segmen kapal curah (bulk carrier). Pada tahun yang sama, Waruna Shipyard juga meningkatkan standar kualitasnya dengan memperoleh sertifikasi ISO 9001:2008 sebagai bukti komitmen terhadap mutu dan keunggulan proses kerja.

Pada 2016, Waruna memperluas usahanya ke layanan pembangunan kapal dan mulai melayani berbagai klien di seluruh Indonesia, termasuk Pelindo dan Pertamina Trans Kontinental.

Pada 2019, Waruna mengoperasikan kapal tanker LPG pertama dan meluncurkan dry dock baru yang mampu menangani kapal hingga 120.000 DWT.

Di tengah tantangan global pada 2020, Waruna melakukan transformas bisnis melalui perbaikan tata kelola, optimalisasi operasional, peningkatan kompetensi kru kapal, serta penyempurnaan proses internal.

Pada 2021, perusahaan memprioritaskan transformasi digital dan keberlanjutan lingkungan melalui investasi sistem pemantauan, pengurangan emisi, serta peningkatan pengelolaan limbah.

Pada 2023, Waruna memperkuat keunggulan operasional melalui penerapan Integrated Safety Management System serta memperluas kehadiran regional melalui kemitraan strategis di kawasan Asia Tenggara.

Tahun 2024 berfokus pada keunggulan keselamatan kerja melalui penilaian menyeluruh Safety Management System untuk memperkuat kepatuhan, integritas operasional, dan budaya continuous improvement. Pada tahun yang sama, Waruna juga mengoperasikan TB Master Satu, Dua, dan Tiga dengan kapasitas 4.400–4.500 HP

Pada 2026, Waruna menambahkan layanan operasional oil barge, yang semakin memperkuat posisinya dalam jasa transportasi produk petroleum dan minyak mentah.